Вернувшись в период Яхико в организацию Акацуки, Бьякуя изначально стремился поскорее сбежать, чтобы не стать жертвой усиления Пейна. Однако он непреднамеренно приобрел систему, связанную с организацией Акацуки. Эта система предлагала вознаграждение до тех пор, пока организация Акацуки росла и развивалась. Чтобы не допустить уничтожения организации Акацуки, Бьякуя взял на себя руководство по развитию, направив его по совершенно иной траектории. Когда Ханзо и Данзо объединили усилия, чтобы разгромить организацию Акацуки, они были поражены, обнаружив ее новую силу, способную бросить вызов даже Деревне Скрытого Дождя. Спустя много лет пять основных стран ниндзя были потрясены, обнаружив, что организация Акацуки тихо подмяла под себя весь мир ниндзя, став некоронованным королем шиноби. Все это произошло благодаря человеку, скрытому глубоко внутри организации Акацуки.